中国科学院青岛生物能源与过程研究所目前已拥有中国科学院生物燃料重点实验室、中国科学院生物基材料重点实验室、山东省能源生物遗传资源重点实验室、山东省沼气工业化利用工程实验室、青岛生物基能源与材料工程技术研究中心、青岛市太阳能与储能技术重点实验室、青岛生物质绿色化学转化工程技术研究中心、青岛市级技术转移服务机构、可持续航空生物燃料联合研究实验室、酶工程研究中心、中澳生物质联合研究中心、山东省国际科技合作基地、中国科学院国家科学图书馆青岛生物能源所学科战略情报研究特色分馆、中科院超级计算环境青岛分中心等14个省部级创新平台。已在JACS、PLoS Genet.、Energy Environ. Sci.、Biotechnol. Adv.等国际知名期刊发表论文515篇，申请发明专利228项，获授权发明专利51项。