山东能源研究院/青岛能源所等提出单细胞技术体系SCIVVS服务临床感染性疾病精准诊疗与溯源

在所有的人类疾病中,感染性疾病在发病率上位列第一、死亡率上位列第三。因此,快速、敏感、准确、全面的病原菌鉴定、用药和溯源技术,对于感染性疾病的防治至关重要。近日,来自单细胞中心、中国疾病预防控制中心传染病预防控制所、北京协和医院检验科、丹纳赫公司、青岛星赛生物科技有限公司、重庆国际免疫研究院等的研究人员,基于拉曼组策略,提出了单细胞精度的病原菌鉴定、活性判断、活力测量、药敏表型测定和全基因组溯源技术体系SCIVVSSingle-Cell Identification, Viability and Vitality tests and Source-tracking)。该工作以应邀专家评论的方式发表于《智能检验医学(英文)》iLABMED杂志。 


SCIVVS基于拉曼组技术,支撑单细胞精度的细菌或真菌种类鉴定、活性判断、活力测量、药敏表型测定和全基因组溯源

在感染性疾病的临床治疗中,通常需要从患者样本出发,完成活菌总数检测、病原种类鉴定、病原活性/活力检测、抗微生物药物敏感性测量、病原来源的追溯乃至传播途径追踪等一系列系统性的诊断步骤,从而指导精准用药和高效防控。具体来说,目前业界通常采取基于病原培养的策略,这不仅耗费大量的等待时间,而且难以处理慢生长菌。而基于目标基因的靶向性检测,乃至mNGS等元基因组测序手段,通常难以获得病原的活性、活力等必要信息,也难以准确、全面地评估目标病原对于各种药物的敏感性。上述一系列诊断步骤通常需要由培养、生化生理实验、质谱、测序等多种手段、多台仪器配合完成,导致目前通常难以迅速、灵敏、准确、全面且一站式、全自动地完成整个流程。

为解决感染性疾病临床诊疗所面临的这个重要挑战,研究人员提出了基于拉曼组平台的解决方案SCIVVS。针对临床样品,首先不是提取总核酸或者进行平板培养,而是提取所有的细胞,进行重水饲喂、特定抗生素的暴露反应和单细胞拉曼光谱的高通量采集。在每一张拉曼光谱上,利用其指纹区,可基于与一个病原拉曼光谱参照数据库的比对,快速完成每个细胞的种类鉴定这一环节;同时,利用其重水利用峰(C-D峰),则可量化每个细胞的活性、代谢活力、针对特定抗生素的表型药敏性等。进而,为了追踪特定细胞的来源,可通过拉曼激活单细胞分选技术,快速获得目标种类或目标药敏性表型的单细胞,从而对接下游单细胞全基因组测序或单细胞培养。

为了支撑SCIVVS技术体系,在国家重大科学仪器研制、国家重点研发计划等项目的支持下,研究人员研制成功临床单细胞拉曼药敏快检仪CAST-R、高通量流式拉曼分选仪FlowRACS、单细胞拉曼光镊分选仪RACS-Seq/Culture等原创仪器体系,并针对胃粘膜(幽门螺杆菌)感染、血液(鲍曼不动杆菌等)感染、尿液(大肠杆菌)感染等临床场景,合作完成了应用示范。

SCIVVS无需进行微生物培养和分离纯化,而直接从临床样品出发,在单个菌体的精度进行拉曼采集或分选,因此可在数个小时内揭示微生物种类、活性、代谢活力、表型药敏性,以及这些参数的异质性,而且后继可以通过单细胞全基因组或纯培养物进行验证。另外,一个完整的SCIVVS流程,除了测序仪之外,只需要一台单细胞拉曼分选仪,有望实现一站式全自动的临床检验操作。因此,SCIVVS与传统策略相比,具有快速、敏感、准确、全面、成本低、一体化、适用性广等优势。

单个细胞是病原体的功能单元和进化单位,故基于其在代谢表型组和基因组层面的单菌体分辨率,SCIVVS有望成为一种新的方法学体系和数据框架,在最深的水平服务各种临床场景和疾控应用。为充分挖掘其潜力,研究人员将基于感染性疾病单细胞技术网络,进一步开发SCIVVS的临床流程,验证其适用范围,拓展其应用场景,推动微生物单细胞多组学技术在临床诊疗上的广泛应用。

该工作由徐健研究员、张建中研究员、徐英春教授、汤一苇博士、马波研究员、吴玉章教授等合作完成,还得到了国家重点研发计划、中科院战略性先导专项、国家自然科学基金、深港创新圈计划等的支持。(文/ 刘阳)

原文链接:https://doi.org/10.1002/ila2.12

Jian Xu*, Jianzhong Zhang, Yingchun Xu, Yi-Wei Tang, Bo Ma, Yuzhang Wu*. Single cell metabolic phenome and genome via the ramanome technology platform: Precision medicine of infectious diseases at the ultimate precision? iLABMED, 2023.


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